Η σχολική άρνηση είναι μια πολυπαραγοντική έκφραση και μπορεί να οφείλεται σε συνδυασμό παραγόντων, ενώ εξατομικεύεται αυστηρά. Υπάρχουν διαφορετικοί λόγοι που οδηγούν ένα παιδί σε αυτό το αποτέλεσμα:


    1. Ατομικοί (ευαλωτότητα προσωπικότητας, καταθλιπτικό συναίσθημα, άγχος αποχωρισμού, κοινωνική φοβία και άλλες φοβίες, μαθησιακές δυσκολίες, εναντίωση σε περίπτωση που έχει δεχθεί εκφοβισμό-bullying)
    2. Περιβαλλοντικοί (δυσλειτουργία οικογένειας, υπεραπασχόληση γονέων, λόγοι που σχετίζονται με την κοινωνικο-οικονομική κρίση κτλ)


Στη Μ.Ε.Υ. σημαντικός αριθμός παιδιών και εφήβων προσέρχονται με σχολική άρνηση, οι οποίοι συχνά έχουν σαν αρχικό αίτημα την εξάρτηση από το διαδίκτυο. Το φαινόμενο αυτό έχει φέρει σε αμηχανία την επιστημονική κοινότητα παγκοσμίως, σχετικά με το εάν πρόκειται για είδος «εξάρτησης» ή για την «κορυφή του παγόβουνου» άλλων δυσκολιών ή/και προβλημάτων. Το γεγονός είναι ότι η χρήση του διαδικτύου μπορεί να είναι η επικρατούσα δραστηριότητα στην καθημερινότητα ορισμένων εφήβων, με αποτέλεσμα την παραμέληση βασικών τομέων δράσης, όπως το σχολείο, τα χόμπι, ο αθλητισμός, οι κοινωνικές σχέσεις (φιλικές ή/και ρομαντικές) κ.λπ. Μπορεί να υπάρξουν διαταραχές ύπνου, παρεκτροπές στη διατροφή και παραμέληση της σωματικής φροντίδας και υγιεινής.

Ορισμένοι από τους εφήβους με σχολική άρνηση είναι χαρισματικά παιδιά, με ιδιαίτερα ταλέντα και υψηλό δείκτη νοημοσύνης, για τα οποία το σχολείο παύει να αποτελεί περιβάλλον έμπνευσης και δημιουργίας, χάνουν κάθε ενδιαφέρον, «βαριούνται» και τελικά σταματούν τη φοίτηση. Ψυχομετρικές έρευνες έχουν δείξει ότι το ποσοστό των χαρισματικών παιδιών υπολογίζεται περίπου στο 3% του γενικού παιδικού πληθυσμού. Τα παιδιά αυτά διαθέτουν εξαιρετικά υψηλές ικανότητες σε έναν ή περισσότερους γνωστικούς τομείς.
Τέλος, υπάρχει μικρός αριθμός γονέων που παύουν να εμπιστεύονται το εκπαιδευτικό σύστημα και με μικρή αφορμή, επιδιώκουν την διακοπή της φοίτησης των παιδιών τους, αμφισβητώντας τον εποπτικό ρόλο του κράτους στην εκπαίδευση των παιδιών. Στις ΗΠΑ, η τάση αυτή είναι υπολογίσιμη και ονομάζεται «home schooiling» - ευτυχώς στη χώρα μας δεν έχει εξελιχθεί.
Δεδομένου ότι το σχολείο γενικά προσφέρει πολύ περισσότερα από την παροχή γνώσεων και μόνο (κοινωνικοποίηση, ανάληψη ευθυνών, ομαδικότητα κλπ), είναι σημαντικό να ενθαρρύνεται η επιστροφή των παιδιών στο σχολικό περιβάλλον όταν βέβαια είναι έτοιμα κι αυτό κρίνεται προς όφελός τους.